Sokan csodálkoznak talán a címet olvasva, hiszen ki gondolná a stramm, erős német juhászról, hogy érzékeny bármilyen rendellenességre is. Hosszú ideje tenyésztik ellenőrzötten, a fajta egyesületei szűrővizsgálatokat is előírnak, mégis számos olyan betegség van, ami jóformán csak ebben a fajtában fordul elő, vagy pedig figyelemre méltó gyakoriságot ér el.
Nyolc hetes elválasztási kor körül jelentkezik szórványosan, de szinte mindig csak német juhászban, a nyelőcső tágulat. Ha szilárd táplálékot kap a kiskutya, rögtön kihányja, nem fejlődik, lesoványodik. Röntgennel igazolható, sajnos nem gyógyítható. Érdekes bélrendszeri sajátosság, hogy a bélcsavarodást, ami igen-igen ritka kutyában, én csak ebben a fajtában találtam. Ugyanez igaz a lépcsavarodásra is.
Van saját külön szembetegsége is a fajtának, a neve Überreiter-szindróma. Ez az elváltozás csak német juhászok és keverékeik szemein látható. A lényege, hogy a szaruhártyára az alsó harmadtól kezdődően, erek és sarjszövet nő, majd sötét pigmentanyag rakódik. A szaruhártya átlátszatlan lesz, az állat megvakul. Nem gyógyítható, de szteroid gyulladáscsökkentőt tartalmazó kenőcsökkel elfogadható javulást érhetünk el. A szaruhártya felső átlátszatlan rétegét műtéti úton el szoktuk távolítani, de ezután is gyakori a kiújulás.
A német juhász csontozata is érzékeny. A fajtában kötelező a csípőszűrés, de teljesen egészséges csípőizületű (diszplázia-mentes) példányt alig találunk. A tenyészszervezetek engedik tenyészteni a majdnem mentes, és az enyhe elváltozást mutató egyedeket is.
Szegény német juhász kutyusok több rájuk tipikusan jellemző bőrbetegségtől szenvedhetnek. Igen gyakori körükben a bőr mély gennyes gyulladása, ami hosszantartó antibiotikum adással kezelhető. Nem ritkák náluk az olyan embernél is rettegett-autóimmun kórképek, mint pl. az SLE. Az orron, orrháton, száj körül sebek, fekélyek alakulnak ki. Tünetileg szteroidokkal javulás érhető el. Szintén csak német juhászokon észlelhető a végbél apró tályogos gyulladása, furunkulózisa is.
Ősszel gyakori náluk a felálló fül végének gyulladása, kisebesedése, amit a szuronyos istállólegyek csípése okoz. Rovarirtó szerekkel kezeljük.
Rengeteg az epilepsziás egyed a fajtában, körükben gyakran fordul elő az úgynevezett epilepsziás státusz, melynek során nagy sűrűséggel követik egymást a görcsös rohamok. A gyógyszeres kezelés az esetek két harmadában hoz kielégítő eredményt.